По строению тела археоптерикс ближе к своим мезозойским родственникам, чем к птицам, иными словами у него было намного больше динозавровых черт, чем птичьих. Среди главных его птичьих признаков:
-
- длинные внешние ноздри;
- несросшиеся квадратная и квадратноскуловая кости (две кости челюсти);
- крупные боковые борозды в верхней задней части позвонков.
- Среди динозавровых черт имеются:
- отсутствие клюва;
- зубы (отсутствуют у всех современных птиц);
- вынесенное далеко вперёд носовое отверстие, отделённое от глаза
крупным предорбитальным окном;
- шея, соединяющаяся с черепом сзади;
- шейные позвонки с простыми вогнутыми суставными поверхностями (для птиц характерны седловидные суставные поверхности этих позвонков);
- длинный хвост, состоящий из более 20 полноценных позвонков, растягивающихся к кончику хвоста (у птиц хвостовые позвонки упрощаются в строении и срастаются в единое костное образование - пигостиль);
- тонкие рёбра без скрепляющих их крючковатых отростков, и не сочленённые с
грудиной;
- брюшные ребра - гастралии (характерны для рептилий, у птиц отсутствуют);
- крестец, занимающий 6 позвонков (у птиц крестец насчитывает от 10 до 23 позвонков);
- небольшой грудной пояс;
- 3 свободные пястные кости, не срастающиеся между собой и ближайшим рядом костей запястья по птичьему образцу в единый блок;
- 3 пальца со следующим числом фаланг 2-3-4 (для птиц характерно 1-2-1 или менее);
- полноценно развитая малая берцовая кость (у птиц она присутствует в виде рудимента);
- отсутствие сращения тазовых костей (подвздошной, седалищной и лобковой);
- отдаленные концы лобковых костей заканчиваются расширением в виде ботинка и срастаются между собой.
- приписывавшегося археоптериксу противопоставленного большого пальца в задней конечности, присущего птицам, у недавно найденного и лучше сохранившегося экземпляра не обнаружено (Mayr et al. 2005; см. тж. Middleton 2002).
Кроме того, археоптерикс был промежуточным звеном между динозаврами и
современными птицами по строению вороновидных, плечевых костей, а также мозга и среднего уха (Alonso 2004; Elzanowski 2002; Nedin 1999).